Modelování přeskupení V (D) J v lokusu TRA / TRD

T lymfocyty exprimují na svých povrchových receptorech (TCR) složených z ~ nebo y8 řetězců, odpovědných za rozpoznávání antigenních peptidů.

rozpoznávání antigenních peptidů
rozpoznávání antigenních peptidů
Předkládání antigenu: 1 – rozpoznání mikrobů pomocí buněčných receptorů TLR (Toll-Like Receptors, Živa 2010, 2: 50–52) a dalších receptorů přirozené imunity; 2 – příprava antigenních peptidů z mikrobů; 3 – transport peptidů navázaných na molekuly MHC na povrch předkládající buňky; 4 – specifické 
rozpoznání antigenu receptorem TCR 
(T-Cell Receptor) na T lymfocytu. Vznik klonu z reaktivního T lymfocytu a generování specifické imunitní odpovědi. 
Blíže v textu

Řetězec daného TCRα je výsledkem sestavení variabilních (V), spojovacích (J) a konstantních (C) genů pod kontrolou specifického rekombinačního mechanismu zvaného „V (D) J rekombinace“. Vzhledem k velkému počtu genů V a J rozptýlených na více než 1 mega bázi a duplikovaných V segmentech u myší je téměř nemožné stanovit přesnou kombinatorickou rozmanitost VJ a zejména jejich frekvence současnými technikami molekulární biologie. Abychom těmto otázkám porozuměli, vyvinuli jsme simulační model přeskupení kombinací VJ kódujících řetězec TCRa u myší. Implementovaný model je založen na oknech Windows flexibilní přístup, variabilní rychlosti otevírání a zahrnuje také dobu zrání mezi dvěma přesmyky. Umožňuje zohlednit dynamiku a variabilitu řetězce a, pokud jde o repertoár (počet a četnost kombinací). Navrhuje, aby k použití všech segmentů J stačily 2 až 3 přesmyky, a také umožňuje poskytnout globální profil všech kombinací VJ. Souběžně byla provedena analýza přeskupení VJ u lidí. Tato analýza umožňuje vizualizovat profily experimentálních kombinací VJ a umožní ověřit adaptaci simulačního modelu přeskupení řetězců TCRa u myší na řetězce TCRa u lidí. Model může sloužit jako