Modelování přeskupení V (D) J v lokusu TRA / TRD

T lymfocyty exprimují na svých povrchových receptorech (TCR) složených z ~ nebo y8 řetězců, odpovědných za rozpoznávání antigenních peptidů. Řetězec daného TCRα je výsledkem sestavení variabilních (V), spojovacích (J) a konstantních (C) genů pod kontrolou specifického rekombinačního mechanismu zvaného „V (D) J rekombinace“. Vzhledem k velkému počtu genů V a J rozptýlených na více než 1 mega bázi a duplikovaných V segmentech u myší je téměř nemožné stanovit přesnou kombinatorickou rozmanitost VJ a zejména jejich frekvence současnými technikami molekulární biologie. Abychom těmto otázkám porozuměli, vyvinuli jsme simulační model přeskupení kombinací VJ kódujících řetězec TCRa u myší. Implementovaný model je založen na oknech Windows flexibilní přístup, variabilní rychlosti otevírání a zahrnuje také dobu zrání mezi dvěma přesmyky. Umožňuje zohlednit dynamiku a variabilitu řetězce a, pokud jde o repertoár (počet a četnost kombinací). Navrhuje, aby k použití všech segmentů J stačily 2 až 3 přesmyky, a také umožňuje poskytnout globální profil všech kombinací VJ. Souběžně byla provedena analýza přeskupení VJ u lidí. Tato analýza umožňuje vizualizovat profily experimentálních kombinací VJ a umožní ověřit adaptaci simulačního modelu přeskupení řetězců TCRa u myší na řetězce TCRa u lidí. Model může sloužit jako